RSS

PCR

Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR (kependekan dari istilah bahasa Inggris polymerase chain reaction) merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun 1994 berkat temuannya tersebut. Penerapan PCR banyak dilakukan di bidang biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan jumlah sampel yang kecil.

Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 20–30 kali siklus. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap bekerjanya PCR dalam satu siklus:
  1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi. Pada tahap ini (berlangsung pada suhu tinggi, 94–96 °C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR tahap ini dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi templat ("patokan") bagi primer. Durasi tahap ini 1–2 menit.
  2. Tahap penempelan atau annealing. Primer menempel pada bagian DNA templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara 45–60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
  3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA polimerase (ditunjukkan oleh P pada gambar) yang dipakai. Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76 °C. Durasi tahap ini biasanya 1 menit.
Lepas tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi dan renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer lain. Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer yang dipakai. Jumlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi secara eksponensial.


  • Digg
  • Del.icio.us
  • StumbleUpon
  • Reddit
  • RSS

Fermentasi




1.1  LatarBelakangMasalah
Fermentasi merupakan bentuk tertua dari bioteknologi Minuman beralkohol (bir, anggur, tuak), Makanan terfermentasi (keju, yoghurt, tape, tempe, petis, terasi). Orang Somaria dan Babilon kuno sudah minum bir sejak 6000 th sebelum masehi. Orang Mesir sdh membuat adonan Kue Asam sejak th 4000 sebelum masehi .Sedangkan di Eropa, minuman anggur sudah dikenal jauh dimasa lalu dengan proses fermentasi Perkembangan Bioteknologi Jaman sebelum Louis Pasteur. Tujuan Fermentasi adalah untuk menghasilkan suatu produk (bahan pakan) yang mempunyai kandungan nutrisi, tekstur, biological availability yang lebih baik, disamping itu juga menurunkan zat anti nutrisinya (Darma, 2010).
Pada praktikum ini, kami akan melakukan sebuah proses fermentasi, yaitu akan membuat youghrt.
Protein sebagai salah satu komponen gizi yang dibutuhkan manusia. Protein ini dapat diperoleh dari bahan nabati ataupun hewani. Dari bahan hewani salahs atunya adalah dari susu. Susu dianjurkan untuk dikonsumsi sebagai pola menu empat sehat lima sempurna. Susu mengandung protein yang langsung diserap.
Didaerah yang menghasilkan susu cukup tinggi,kadang – kadang sering terjadi kerusakan karena tidak cepat terjual. hal ini sangat merugikan bagi peternak susu. Untuk itu perlu adanya penanganan susu yang sederhana dan menjanjikan keuntungan yang lumayan adalah pegolahan yoghurt. Dan saat ini yoghurt dalam bentuk flavoured yoghurt cair dingin ataupun beku sangat digemari dikalangan anak – anak ataupun remaja,khususnya dikota – kota besar.

Mengkonsumsi susu sangat bermanfaat bagi kecukupan gizi masyarakat karena yoghurt memiliki gizi yang cukup tinggi. Selain gizinya yang cukup tinggi juga bermanfaat bagi orang – orang yang tidak tahan gula susu ( laktosa ) atau sering dikenal dengan istilah lactose intolerance maka keterbatasannya dalam mengkonsumsi susu dapat diatasi dengan mengkonsumsi yoghurt.

II.1 PENGERTIAN
Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup (bakterifungivirus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzimalkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa Dewasa ini, perkembangan bioteknologi tidak hanya didasari padabiologi semata, tetapi juga pada ilmu-ilmu terapan dan murni lain, seperti  biokimia,  komputer,  biologi molekularmikrobiologigenetikakimia,matematika, dan lain sebagainya. Dengan kata lain, bioteknologi adalah ilmu terapan yang menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa.
Bioteknologi dapat digolongkan menjadi bioteknologi konvensional / tradisional dan modern. Bioteknologi konvensional merupakan bioteknologi yang memanfaatkan mikroorganisme untuk memproduksi alkohol, asam asetat, gula, atau bahan makanan, seperti tempe, tape, oncom, dan kecap.
            Mikroorganisme dapat mengubah bahan pangan. Proses yang dibantu mikroorganisme, misalnya dengan fermentasi, hasilnya antara lain tempe, tape, kecap, dan sebagainya termasuk keju dan yoghurt. Proses tersebut dianggap sebagai bioteknologi masa lalu. Ciri khas yang tampak pada bioteknologi konvensional, yaitu adanya penggunaan makhluk hidup secara langsung dan belum tahu adanya penggunaan enzim.
            Seiring dengan perkembangan ilmu pengetahuan, para ahli telah mulai lagi mengembangkan bioteknologi dengan memanfaatkan prinsip-prinsip ilmiah melalui penelitian. Dalam bioteknologi modern orang berupaya dapat menghasilkan produk secara efektif dan efisien.
            Dewasa ini, bioteknologi tidak hanya dimanfaatkan dalam industri makanan tetapi telah mencakup berbagai bidang, seperti rekayasa genetika, penanganan polusi, penciptaan sumber energi, dan sebagainya. Dengan adanya berbagai penelitian serta perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, maka bioteknologi makin besar manfaatnya untuk masa-masa yang akan datang.
Kesimpulan :
            Bioteknologi di bidang pangan adalah yang menggabungkan berbagai cabang ilmu dalam proses produksi barang dan jasa dan  bioteknologi yang dapat  memanfaatkan mikroorganisme untuk memproduksi alkohol, asam asetat, gula, atau bahan makanan, seperti tempe, tape, oncom, dan kecap dll.

Protein merupakan bahan makanan yang mutlak diperlukan manusia. Protein yang dihasilkan dengan memanfaatkan mikroorganisme disebut SCP (Single Cell Protein) protein sel tunggal. SCP ini mempunyai kadar protein hingga 80% lebih tinggi dibandingkan protein kedelai dan ragi.

Beberapa mikroorganisme yang efektif untuk pembuatan SCP antara lain: Methylophylus methylotropus. SCP ini biasa digunakan untuk makanan ternak agar hewan ternak mampu menghasilkan susu dan daging berkualitas tinggi. Fusarium, SCP yang digunakan untuk nutrisi manusia.

Melalui proses fermentasi yang dilakukan mikroorganisme, bahan makanan tertentu diubah menjadi bahan bentuk lain sehingga cita rasanya lebih menarik atau mengandung nilai gizi yang lebih tinggi. Contoh makanan ini ialah keju, mentega, roti, alkohol, dan cuka. 

1) Keju

Keju bahan utamanya adalah dadih yang dipisahkan dari Whey (air dadih utama). Dadih dibuat dari protein kasein yang umumnya terbentuk karena aktivitas enzim renin dan kondisi asam yang ditimbulkan karena aktivitas bakteri asam laktat.

Bakteri yang dibiarkan pada media keju menyebabkan proses fermentasi yang memberikan suasana asam. Selain itu, juga memberikan cita rasa khas dan bau harum (aroma) pada produk susu tersebut. Makin lama masa inkubasinya, makin tinggi keasamannya dan makin tajam cita rasanya. Mikroorganisme yang digunakan dalam pembuatan keju ialah jamur Penicillium camemberti.

2) Mentega

Mentega dibuat dengan mengaduk kepala susu (krim) hingga tetesan-tetesan mentega yang berlemak memisah dari susu mentega. Susu mentega adalah cairan susu yang tinggal setelah membuat mentega.

Krim (kepala susu) memiliki rasa masam dan digunakan untuk pembuatan produk lain, seperti yoghurt. Yoghurt dibuat dari krim yang ditanami mikroorganisme seperti yang digunakan membuat susu mentega.

Yoghurt banyak kamu jumpai di toko. Yoghurt terbuat dari susu dengan lemak kadar rendah yang sebagian airnya telah diuapkan. Untuk meningkatkan keasamannya, susu kental yang terbentuk ditanami dengan Streptococcus thermophillus, sedangkan untuk meningkatkan cita rasa dan aroma ditanami Lactobacillus bulgaris.

Fermentasi Lactobacillus bulgaris berlangsung pada subtrat yang bertemperatur 45° C selama beberapa jam. Pada temperatur tersebut Lactobacillus bulgaris masih mungkin tumbuh dan berkembang. Untuk menjaga cita rasa, aroma, dan keasamannya maka perlu dijaga keseimbangan antara kedua jenis mikroorganisme tersebut.


Pemanfaatan mikroorganisme, seperti ragi banyak digunakan dalam pembuatan roti, asinan, minuman alkohol, minuman anggur, dan cuka.

Dalam pembuatan roti, adonan roti akan ditanami ragi yang sebenarnya kultur spora suatu jenis jamur. Spora jamur akan tumbuh dan memfermentasi gula dalam adonan, dan terbentuklah gelembung-gelembung karbondioksida. Fermentasi yang berlangsung dalam kondisi aerob ini akan mendorong produksi CO2.

Pada pembuatan asinan kubis atau sauerkraut, acar, dan olive maupun kecap diperlukan mikroba jamur penghasil enzim yang mampu mengubah zat tepung menjadi gula yang dapat difermentasikan. Prinsip ini juga digunakan dalam pembuatan brem dan minuman khas Jepang, sake yang dibuat dari ketan dan beras.

Dalam pembuatan kecap diperlukan jamur Aspergillus oryzae. Jamur ini dibiakkan dalam kulit gandum terlebih dahulu. Selanjutnya, jamur ini bersama-sama bakteri asam laktat yang tumbuh pada kedelai yang sudah dimasak, menghancurkan campuran gandum. 

Setelah melalui fermentasi karbohidrat yang cukup lama, dihasilkanlah kecap. Beberapa jenis mikroba yang digunakan untuk mengubah bahan makanan menjadi bentuk lain, misalnya:

1) Rhizopus oligospora untuk membuat tempe dengan substrat kedelai.
2) Neurospora sitophila untuk membuat oncom dengan substrat kacang tanah.
3) Saccharomyces cerevisiae untuk membuat tape dengan substrat ketan atau singkong atau ubi kayu.
4) Acetobacter xulinum untuk membuat nata de coco dengan substrat air kelapa.

a.  Proses pembuatan alkohol

Hampir semua pembuatan minuman beralkohol, seperti bir, ale, dan anggur memerlukan jasa mikroorganisme. Bir dan ale dibuat dari tepung biji padi-padian yang difermentasi oleh ragi. Ragi tidak dapat menggunakan tepung secara langsung. Tepung tersebut diubah terlebih dahulu menjadi glukosa atau maltosa. Selanjutnya, glukosa dan maltosa difermentasi menjadi etanol dan CO2.

Dalam proses pembuatan minuman ini, malting, yaitu biji padi-padian dibiarkan berkecambah, terus dikeringkan, selanjutnya digiling menghasilkan malt. Malt ini mengandung enzim amilase yang mampu mengubah amilum menjadi glukosa dan maltosa sehingga dapat difermentasi oleh ragi.

Pada pembuatan minuman keras berkadar alkohol tinggi, seperti vodka, wiski, dan rum, karbohidrat dari biji padi-padian, kentang dan sirup atau tetes gula difermentasi menghasilkan alkohol. Selanjutnya, alkohol ini disuling untuk menghasilkan minuman berkadar alkohol tinggi.

Minuman anggur atau wine dapat dibuat dari buah anggur maupun dari buah lain. Karena buah anggur mengandung gula, maka langsung dapat difermentasikan oleh ragi. Jika bahannya selain buah anggur, untuk meningkatkan produksi alkoholnya perlu ditambah gula 

b. Proses pembuatan cuka

Bahan dasar pada proses pembuatan cuka adalah etanol yang dihasilkan oleh fermentasi anaerob oleh ragi. Oleh bakteri asam asetat, seperti Acetobacter dan Gluconobacter, etanol akan dioksidasi menjadi asam asetat.


No.
Produk/Makanan
Bahan mentah
Mikroorganisme
Lokasi produk

Produk dari
Perusahaan Susu








1
Keju Swiss
Susu
Propioni bacterium skerma manisi
Eropa, Amerika
2
Keju (masak)
Keju biru
Dadih susu
susu
Streptococcus sp.
Penicillium roqueforti
Leuconostoc sp.
Meliputi seluruh dunia
3
Krim asam
Susu skim
Streptococcus lactis
Lactobacillus lactis
Meliputi seluruh dunia
4
Kefir
Susu
Streptococcus lactis
Lactobacillus bulgaricus
Candida sp.
Asia Barat Daya
5
Kurmiss
Susu kuda atau Domba
L. bulgaricus
Lactobacillus leichmannii
Candida sp.
Rusia
6
Yogurt
Susu
Streptococcus thermophilus
L. bulgaricus
Meliputi seluruh dunia
7
Taette
Susu
S. lactis var taette
Skandinavia

Produk Daging
dan Ikan



1
Sosis kering
Daging sapi
Pediococcus cereviceae
Eropa, Amerika Serikat
2
Saus ikan
Ikan kecil
Halophilic becillus sp
Asia Tenggara
3
Izushi
Ikan segar
beras sayuran
Lactobacillus sp.
Jepang

Produk Tanaman
Bukan Minuman



1
Biji cokelat
Buah cokelat
Candida krussek
Geitrichum sp.
Afrika, Amerika Serikat
2
Biji kopi
Buah kopi
Erwinia dissolvens
Saccharomyces sp.
Brasil, Kongo, Hawaii,
India
3
Kimchi
Kubis dan sayuran lainnya
Bakteri asam laktat
Korea
4
Miso
Kacang kedelai
Aspergillus oryzae
Saccharomyces ruoxii
Jepang
5
Olive
Olive hijau
Leuconostic mesenterodes
Lactobacillus pantarum
Meliputi seluruh dunia
6
Tauco
Kedelai
Aspergillus oryzae
Asia
7
Kecap
Kedelai
A. oryzae atau Aspergillus
soyae
S. ruoxii
Jepang, Indonesia
8
Tempe
Kedelai
Rhizopus oligosporus
Rhizopus oryzae
Indonesia, Suriname, Irian Timur (Papua)

Roti



1
Idli
Tepung beras &
tepung kacang
Leuconostoc mesenteroides
India bagian selatan
2
kue-kue
Tepung gandum
Saccharomyces cerevisiae
Meliputi seluruh dunia
3
Roti adonan Masaur
Tepung gandum
Saccharomyces exyguus
California bagian utara
 (Amerika Serikat)
Afrianto, Eddy, 2008, Pengawasan Mutu Bahan/Produk Pangan, Departemen Pendidikan Nasional, Jakarta.
Afriyanto Eddy. 2005. Pakan Ikan dan Perkembangannya. Jakarta : Penerbit Kanisius.
Dwidjoseputro, 2003. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djambatan: Jakarta.
Heyne, 1987. Tumbuhan Berguna Indonesia. Badan Litbang Kehutanan, Jakarta. Hal. 1767- 1775.Dwijoseputro.
Jati Wijaya. 2007. Biologi Interaktif. Jakarta : Ganeca Exact.
Kusmiyati, Evi, 2005, Potensi Burahol Sebagai Komoditi Hasil Hutan Bukan Kayu Yang Terancam Punah, Info Hasil Hutan : Volume 11.No.1
Lutfi, Ahmad, 2004, Kimia Lingkungan, Departemen Pendidikan Nasional, Jakarta.
Pelczar M.J. dan Chan. 1988.  Dasar-dasar Mikrobiologi Jilid 1. Jakarta : UI Press.
Pelczar, 1988. Dasar-Dasar Mikrobiologi 2. Universitas Indonesia Press, Jakarta.
Singleton Paul.2006. Dictionary of Microbiology And Molecular Biology Third Edition. England : John wiley & Sons Inc.
Skou Torben dan Sogaard Jensen Gunnar. 2007. Microbiologi. Englang : Forfattern Og Systime.
Soekardjo, Siswandono B, 1995. Kimia Medisinal. Airlangga University Press, Jakarta.
Suwandi U. 1999. Peran Media Untuk Identifikasi Mikroba Patogen Cermin Dunia Kedokteran. Jakarta : Grup Kalbe Farma.
Widjajanti, U, Nuraini, 1996. Obat-obatan. Kanisus, Yogyakarta.
Wilson Gisvold. 1982. Buku Teks Wilson dan Gisvold Kimia Farmasi dan Medisinal Organik. Semarang : IKIP Semarang Press.
2)      Ganiswarna, 1995, Farmakologi dan Terapi, Edisi 4, Fakultas Kedokteran, Universitas Indonesia, Jakarta, 73.
5)      Jawetz, Melnick., dan Adelberg, 2001, Mikrobiologi Kedokteran Buku 1, Salemba Medika, Surabaya132-139.
1)      Setiabudy, 1995, Antimikroba Golongan Tetrasiklin dan Kloramfenikol dalam Farmakologi dan Terapi, Edisi IV, Bagian
Farmakologi dan Terapi FKUI, Jakarta, 651-657.

  • Digg
  • Del.icio.us
  • StumbleUpon
  • Reddit
  • RSS